พลเรือเอก สมุทร์ สหนาวิน สมรส กับคุณหญิง สมบูรณ์ สหนาวิน (รังสิพราหมณกุล) บุตรีพระมหาราชครูพิธีศรีวิสุทธิคุณวิบูลเวทย์บรมหงส์พรหมพงศ์พฤฒาจารย์ (สวาสดิ์ รังสิพราหมณกุล) ประธานพราหมณ์ราชสำนัก และนาง วามเทพมุนี (เล็ก รังสิพราหมณกุล) มีบุตรธิดา 2 คน คือ พลเรือโท สุริยะ สหนาวิน ร.น. และนาง ดวงกมล นภสินธุวงศ์

พลเรือเอก สมุทร์ สหนาวิน ถึงแก่อนิจกรรม เมื่อวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ. 2547